Khi Thủ tướng Gordon Brown cải tổ nội các vào ngày 3 tháng 10 năm 2008, Khan đã được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Bộ Cộng đồng, thay thế Parmjit Dhanda, và trở thành người Hồi giáo thứ hai được phục vụ trong Chính phủ của Nữ hoàng Anh. Trước Hạ viện trong tháng 1 năm 2009, Khan chỉ trích Giáo hoàng về việc ông phục hồi chức năng của giám mục Richard Williamson sau nhận xét ​​của ông ta về Holocaust, một động thái mà Khan miêu tả là "rất không lành mạnh" và "mối quan tâm lớn".[24]

Năm 2009, ông trở thành người Hồi giáo đầu tiên được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải.[25] Khan được cho là đại biểu quốc hội và bộ trưởng chính phủ đầu tiên đã sử dụng Twitter khi ông dùng nó để loan báo được thăng chức làm Bộ trưởng Giao thông vận tải.[24]

Trong tháng 3 năm 2010, Khan công khai tuyên bố rằng trong năm thứ hai kế tiếp ông sẽ không nhận tăng lương như một MP hoặc Bộ trưởng, nói là, "Vào thời điểm khi nhiều người ở Tooting và cả nước đang phải chấp nhận lương bị "đóng băng" tôi không nghĩ nó thích hợp cho các nghị sĩ chấp nhận tăng lương." [26] Đối với nhiệm vụ 15 tháng đầu tiên của mình trong Chính phủ hoàng gia, ông đã chọn không lấy tiền lên lương của bộ trưởng, cho là đã kiếm đủ tiền như là một luật sư.